杨虹撰文认为，在总部经济模式下，由于企业总部和加工基地的跨区域经营，不可避免地带来税收的流动。总部经济的税收流向总体呈现出从“周边地区”流向中心城市的态势，中心城市无税源而有税收的流入，“周边地区”有税源却是税收的流出，在区域间出现税源与税收的背离。由于中心城市是经济发达地区，而“周边地区”相对是经济欠发达地区，在相关区域发生的税收与税源的背离，加大了区域经济发展的不平衡。对区域地方政府而言，中心城市政府因有更多的税收流入而加大财政投入，但“周边地区”政府则必然减少其可支配收入，影响地方经济发展。对全国而言，由于两者背离导致的地区间经济发展的不平衡，会影响全国经济的协调发展，以及转移支付的准确性。由于总部经济对区域经济发展带来诸多的外溢效应，今后在我国还应大力发展这一经济模式，但同时必须解决好区域税收与税源的背离问题，坚持税收与税源相一致原则，遵循区域经济对税源贡献的多少参与税收分配。就总部经济的运行模式而言，总部经济涉及的区域政府，均应享有税收收益权和征收管理权，特别是对“周边地区”政府的税收收益权和征收管理权给予保护。