南通大学马克思主义学院现有思想政治教育（师范）本科专业、马克思主义理论一级学科硕士授权点。设有思想政治教育系和马克思主义基本原理、当代中国马克思主义、思想品德、法学、中国近现代史、廉政文化、形势与政策7个教研室，设有当代中国马克思主义、江海公民道德、国学3个研究所。南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠本院。

马克思主义理论为江苏省重点学科，2018年江苏省重点学科中期考核为优秀。教育部第四轮学科评估，马克思主义理论获得C类学科。2016年、2018年，马克思主义学院两次入选江苏省高校示范马克思主义学院。思想政治教育专业为江苏省特色专业，《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》为江苏省精品课程，思想政治理论课教学方法创新为江苏省高校思想政治理论课示范建设点。

学院拥有实力雄厚、结构合理的师资队伍。目前教职工78人（其中：教授17人、副教授35人，博士31人，硕士生导师36人）。现有全国优秀社会科学普及专家3人，省“青蓝工程”骨干教师、中青年学术带头人3人，省“333工程”第三层次人才1人；江苏省马克思主义中国化研究中心特聘研究员1人，江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心特聘研究员1人，江苏省高校思想政治理论课教学指导委员会委员2人，江苏省反腐倡廉专家咨询委员会委员1人，江苏高校优秀青年思想政治理论课教师“领航･扬帆”计划培养人选1人。

近5年来，学院获得国家级社会科学基金项目7项，省部级22项，市厅级52项，横向项目12项；在C刊或中文核心期刊发表论文89篇，出版专著29部；获市厅级以上奖项24项，其中，省哲学社会科学优秀成果奖3项、江苏优秀理论成果奖4项、江苏省高校哲学社会科学研究成果奖5项、南通市哲学社会科学优秀成果奖12项，华东优秀哲学社会科学图书二等奖1项、中共中央办公厅党内法规建设主题征文一等奖1项。